色譜系統由泵、進樣器、色譜柱、檢測器、數據分析系統等5大部分組成，每個部分都可能發生故障需要檢修

在日常工作中，色譜柱是最容易出現問題的部件，如出現柱壓、峰形、保留時間等異常。例如壓力過高，則主要考慮柱子堵塞或色譜柱污染。許多壓力問題是由于系統或保護柱的阻塞。如果柱壓高可采取如下措施：（1）沖洗柱子，排除柱污染和填料堵塞；高分子量／被吸附化合物；樣品或緩沖液中的沉淀物。（2）反沖柱子，清潔阻塞的濾頭；（3）或直接更換濾頭。為了預防分析過程中出現壓力問題，樣品在分析前一定要過濾，流動相也需要超聲過濾。如條件允許可在分析柱前加保護柱。峰形異常也是日常分析中經常遇到的問題如裂峰、峰拖尾、寬峰、低柱效、出現鬼峰等。許多峰形問題是結合在一起的，例如:展寬和拖尾或拖尾和保留時間增加。這可能的原因很多，主要的原因有四個，（1）柱污染（2）部分阻塞濾片（3）柱頭塌陷（4）溶劑效應。而峰拖尾、變寬和柱效降低可能的原因有（1）柱“次級效應”（2）柱塌陷（3）柱污染（4）柱老化（5）柱負荷超載（6）柱外效應。